El Instituto Proyecto Sur està regido por la Asamblea de los socios, formada por numerosas estructuras de la UIL,del Comitè Directivo che nombra el Presidente, el  representante legal del Instituto y del Comitè de Presidencia. La oficina està compuesta por tres unidades  operativas centrales y de varias estructuras perifericas: •    la  Secretarìa  de la Presidencia; •    la oficina de Proyectos; •    la Oficina Administrativa y de informes de las cuentas; y de un organismo modular: •    Centro para la Informaciòn y el EAS – Educaciòn para el desarrollo. La  Secretarìa de la Presidencia se encarga de las actividades de: secretariado, gestiòn  de los contactos, organizaciòn de eventos, ademàs del correcto funcionamiento de las estructuras operativas de Proyecto  Sur. La  oficina de Proyectos se ocupa del estudio, proyectaciòn, gestiòn y evaluaciòn de las  operaciones de Desarrollo; ademàs se encarga de la selecciòn y  preparaciòn profesional del personal que se enviarà al exterior. La oficina Administrativa se encarga de las actividades de administraciòn, contabilidad y relaciones de las cuentas,de los gastos financiados en el  arco de los proyectos de cooperaciòn. El Centro dà  apoyo a las operaciones del Instituto, recogiendo y elaborando datos, ademàs el Centro organiza seminarios, convenios, encuentros informativos y de actualizaciòn,  gestiona el archivo y,en fin, tiene el deber de realizar las actividades de sensibilizaciòn y educaciòn al desarrollo en la sociedad italiana  y europea. La sede central y legal de Proyecto Sur està en Roma,  mientras hay sedes operativas en las siguientes regiones italianas: Piemonte, Lombardia, Liguria, Friuli Venezia Giulia, Trentino Alto Adige, Emilia Romagna, Toscana, Abruzzo,Marche,Lazio, Campania,Puglia,  Sardegna. En el exterior el Instituto tiene actualmente sedes oficialmente registradas en Brasil, en la Republica de Montenegro y en el Sur  del Sudan. Se encuentran en fase de reconocimiento las sedes operativas del Instituto en Argentina, Sri Lanka y Egipto. El personal del Instituto està compuesto por un equipo permanente y por un equipo a tiempo determinado compuesto por asesores, colaboradores a proyecto, necesarios para realizar las actividades de la ONG sea a nivel nacional que internacional. El Instituto dispone de una  calificada  red  de colaboradores y asesores externos entre los cuales, son permanentes el abogado, el asesor fiscal-administrativo, y el de trabajo.